Depuis l’Europe plusieurs compagnie propose des vols direct ver l’Equateur. Air France propose un vol direct depuis Paris vers Quito, 4 fois par semaine. Mais KLM, Iberia, Avianca, Air Europa et Plus Ultra offrent des vols avec escales vers les deux plus grandes villes du pays. Depuis l’Amérique du nord, de nombreuses options existent aussi. Rouge, la compagnie low-cost d’Air Canada propose des vols directs depuis Montréal jusqu’à Quito. Delta, American Airlines, mais aussi Copa et Aero Mexico volent aussi depuis de nombreuses villes des États-Unis vers l’Equateur. Deux options existent. La première et la plus commune est d’atterrir à Quito. Ceci est recommandé pour réaliser un voyage continental. Une arrivée à Guayaquil est plutôt preconisée pour un voyage sec vers les Galapagos. En effet les vols sont directs et le tarif est plus économiques.
Les vols internes vers les Galapagos sont opérerés par des compagnies nationales et sud-américaines soit depuis Quito, la capitale, soit depuis Guayaquil, le port principal. Tame, Avianca et Latam sont les trois compagnies ayant le monopole des vols vers l’archipel. Les tarifs sont sensiblement les mêmes. Deux aéroports unissent le contient à sa région insulaire : Baltra et San Cristobal. Selon l'itinéraire de votre croisière de plongée ou de votre voyage cabotage, il faudra choisir l’aéroport adapté. Des vols inter-îles sont aussi disponibles entre San Cristobal, Baltra et Isabela, trois des 4 îles habitées de l’archipel. Les petits Cessna de 5 à 9 passagers pratiquent plusieurs vols réguliers ou charters par jours. Même si plus onéreux que les bateaux taxis qui relient les îles périodiquement, ces options sont très pratiques, rapides et sûres.
Attention pour toutes ces options de vols internes plusieurs tarifs existent : Local (uniquement pour les iliens), national (applicable à tout détenteur d’une carte d’identité nationale) et pour les étrangers (non-résidents). Les valeurs vont du simple au quadruple selon la saison. Si vous achetez vous-même les vols internes, assurez-vous de bien choisir l’option de tarif correspondant. Un réajustement de la valeur pourra vous être facturé au comptoir de la compagnie aérienne en cas d’erreur de votre part. Les bagages pour les vols internes avec la compagnie Tame, Avianca et Latam sont généralement limités à une pièce de 23 kg (50 Lb) par personne, dont la dimension totale (longueur + largeur + hauteur) doit être inférieure à 158 cm. Le coût d’un bagage supplémentaire est à ce jour de 50 US dollars. Le bagage en cabine est quant à lui limité à 8 kg.
Les vols internes entre les îles aux Galapagos sont limités à 25 livres au total (l’équivalent de 11,3 Kg) par personne. Chaque livre supplémentaire vous sera facturée 2 USD.